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第5代(5G)作物育種技術體系

時間:2020年11月28日 分類:農業(yè)論文 次數(shù):

摘要:全球人口激增、氣候持續(xù)變化、土地資源退化、生態(tài)環(huán)境污染等諸多問題給世界農業(yè)帶來了巨大壓力。作物育種技 術的進步為糧食產量的增加作出了重要貢獻,是解決世界農業(yè)困局和保障世界糧食安全的核心關鍵。但是近 30 年來的水稻 單產增長緩慢,對農作物

  摘要:全球人口激增、氣候持續(xù)變化、土地資源退化、生態(tài)環(huán)境污染等諸多問題給世界農業(yè)帶來了巨大壓力。作物育種技 術的進步為糧食產量的增加作出了重要貢獻,是解決世界農業(yè)困局和保障世界糧食安全的核心關鍵。但是近 30 年來的水稻 單產增長緩慢,對農作物育種技術的改進和提高提出了新的要求。因此,需要研究和開發(fā)更加有效的育種技術體系。根據(jù)國 內外的有關文獻和作者的海外經歷,簡要回顧作物育種技術的現(xiàn)狀及趨勢,重點介紹第 5 代(5th Generation=5G)作物育種即智 能育種技術系統(tǒng)。

  關鍵詞:分子技術育種;智能育種;第五代(5G)作物育種技術

分子植物育種

  根據(jù)預測,到 2050 年,全球平均氣溫將從 2016 年的 14.7℃上升至 16.0℃,因病蟲害帶來的作物產量 損失將從 2016 年的 10%~15% 增加至 20%~25%,而 人口將從目前的 75.79 億增長至 88 億,土地人均占 有量將從 2016 年的 0.2hm2 下降至 0.15hm2[1],這意味 著全球農業(yè)和糧食生產都面臨著巨大壓力。品種改 良和栽培、生產技術的提升是保障農業(yè)和糧食安全的 有效途徑,作物產量的提高有 50% 來自品種的改良。

  但栽培、生產技術對作物產量的提升作用仍受限于作 物的品種特性,可見解決以上問題的核心關鍵在于 品種改良,即選育高產、穩(wěn)產、優(yōu)質、高效的優(yōu)良品種。 因此,研究作物育種發(fā)展方向,指導育種實踐,對于應 對病蟲害侵擾、氣候變化、水資源下降、耕地資源減少 及不斷增加的人口帶來的糧食短缺及農業(yè)可持續(xù)發(fā) 展問題具有重要意義。本文根據(jù)育種技術的發(fā)展階 段將作物育種技術分為 5 個時代育種體系。

  1 第 1 代育種技術(1G):作物馴化技術

  對作物進行馴化大約從 1 萬年前開始,早期的 農民并不懂得遺傳多樣性的理論,但是已經開始有 意識或無意識地在利用其價值對植物進行偶然的選 擇,他們會選擇在產量或其他性狀表現(xiàn)好的單株作 為下一季栽培的種子,并不斷地繁殖下去。 在作物馴化階段,世界范圍內主要種植了約 7000 種作物 [2],為現(xiàn)代栽培品種的培育奠定了遺傳 資源基礎,但是這一時期主要通過耕作者對自然變 異的肉眼觀察做出主觀判斷,作物改良的進展非常 緩慢。

  2 第 2 代育種技術(2G):雜交育種

  雜交育種始于19世紀中后期,以1865年為起點, 孟德爾在發(fā)現(xiàn)了植物遺傳定律后,數(shù)量遺傳學理論被 建立起來,育種家和專業(yè)的科學家通過人工雜交的手 段,有目的地在選配不同的親本進行雜交、自交、回交 等,結合雙親的優(yōu)良性狀培育改良作物品種。 這一階段主要利用了經典遺傳理論、統(tǒng)計學和 田間試驗設計等理論和手段,具有一定的預見性,但 是偶然性大,育種效率低。

  3 第 3 代育種技術(3G):傳統(tǒng)育種

  這一時期的育種包括雜種優(yōu)勢育種及主動誘 變育種。19 世紀末至 20 世紀初,英國的一些種子 公司開始對植物進行復合雜交,并從中選擇突破型 品種 [3],以 1926 年先鋒公司雜交玉米種為標志,玉 米雜種優(yōu)勢和雙雜交種在商業(yè)化上應用突出的表現(xiàn) 帶動了雜種優(yōu)勢在水稻、高粱、油菜、棉花等其他作 物上的運用。

  1940 年,物理、化學或太空誘變等手 段在作物育種上開始應用,主動的誘變育種可以創(chuàng) 造全新的變異,還能促進遠緣雜交過程中染色體的 變異,對于豐富遺傳性狀具有重要意義。 值得一提的是,按照 Buckler 等專家的觀點,雜交育種、雜種優(yōu)勢育種及主動誘變育種這 3 種相繼 出現(xiàn)的育種技術可被統(tǒng)一歸納為傳統(tǒng)育種 [2],這些育種手段在過去近 100 年的時間里極大地提高了作物 產量,推動了農業(yè)發(fā)展,緩解了“人口爆炸”帶來的糧 食緊缺問題,但是這一階段仍依賴于育種家的經驗 來選擇好的表型育種材料,且由于傳統(tǒng)育種對于復雜性狀的選擇有限,因此難以兼顧產量、品質及生物 脅迫和非生物脅迫的抗耐性。目前,世界大多數(shù)育 種項目仍處在傳統(tǒng)育種(2G 和 3G)階段,或處于從 傳統(tǒng)育種(3G)到分子技術育種(4G)過渡的階段。

  4 第 4 代育種技術(4G):分子技術育種

  得 益 于 現(xiàn) 代 分 子 生 物 學、基 因 工 程 的 發(fā) 展, 自 20 世 紀 80 年 代 開 始,以 轉 基 因(GMO,Genetic modified organism)、分 子 標 記 輔 助 選 擇(MAS, Marker assisted selection)、全 基 因 組 選 擇(GS, Genome selection)、等位基因挖掘等為代表的現(xiàn)代分 子技術手段開始在作物育種上運用。

  自 1983 年第 1 例轉基因植物開始,GMO 已經 發(fā)展成最快、應用效率最高的精準育種技術之一 [4], GMO 是針對作物單個或多個性狀進行遺傳改良的 分子技術,它打破了物種界限,將具有目標性狀的新 基因直接插入到作物基因組中,通過選擇不同的啟 動子,可以改變基因時空表達模式和強弱。目前已 在作物的抗病、抗蟲、抗除草劑上得到應用并取得了 商業(yè)化成功,在北美地區(qū),90% 以上的玉米、大豆、 棉花、甜菜和油菜是 GMO 品種。

  MAS 是 20 世紀 80 年代興起的 DNA 標記技術, 以 QTL 作圖和 RFLP、SSR、SNP 等分子標記為基礎, 經歷了標記開發(fā)、遺傳圖譜、功能和比較基因組連鎖 分析及基因組測序等不同發(fā)展時期 [3]。其基本原理 是利用與目標基因緊密連鎖或表現(xiàn)共分離的分子標 記對選擇個體進行目標以及全基因組篩選,從而減 少連鎖累贅,獲得目標個體 [5]。 GS 是 MAS 的延伸,是近年來動、植物分子育種 的全新策略,已成為分子技術育種的熱點和趨勢。

  GS 以連鎖不平衡理論為基礎,相比于 MAS 依賴于 QTL 定位的準確性及其附近標記,僅選用少量分子 標記預測少量的 QTL 效應,GS 采用覆蓋整個基因 組的分子標記來捕獲整個基因組上的變異并對育種 值進行有效預測 [6]。 分子技術育種是對傳統(tǒng)育種理論和技術的重 大突破,實現(xiàn)了對基因的直接選擇和有效聚合,大幅 度縮短了育種年限,極大地提高了育種效率。目前, 各國對 QTL、MAS、GS 和基因定位等精準育種的 理論和試驗研究很多,但在實際育種中應用十分有 限,僅有拜耳 - 孟山都和科迪華等跨國種業(yè)巨頭的 主要作物育種真正處在分子技術育種(4G)階段。

  5 第五代育種技術(5G):智能育種

  智能育種(Smart breeding)技術體系,基本定義 為利用農作物基因型、表型、環(huán)境、遺傳資源(例如 水稻上的品種系譜信息)等大數(shù)據(jù)為核心基礎,通 過人工生物智能技術,在實驗室設計培育出一種適 合于特定地理區(qū)域和環(huán)境下的品系品種。而傳統(tǒng)上 的大田僅僅作為品種測試和驗證的場所。從而節(jié)省 了大量的人力、物力、財力、環(huán)境壓力等資源。智能 育種是依托多層面生物技術和信息技術,跨學科、多 交叉的一種育種方式。 智能育種以基因型大數(shù)據(jù)(Genome information) 為核心之一。基因型數(shù)據(jù)主要來自 5 種基因技術 利用數(shù)據(jù),巧合的也是 5G,但是這個 G 是技術,而 不是代數(shù)。主要包括:

  (1)種質資源鑒定(Germplasm characterization)。(2)基因編輯(Gene editing)。基因 編輯是應用先進的基因組學和分子生物學工具對功 能已知的重要基因序列進行定向敲出、單堿基替換、 同源區(qū)段替換等操作,創(chuàng)造新的有益遺傳變異,從而 實現(xiàn)作物的定向精準改良,在農作物抗病、抗逆性、 園藝作物的花色、保存性等農業(yè)性狀的改良上發(fā)揮 作用 [7];蚓庉嫾夹g具體分為 3 種典型的工具即 鋅指核酸酶(ZFN,Zinc finger nucleases)、轉錄激活 樣效應因子核酸酶(TALEN,Transcription activatorlike effector nucleases)、成簇規(guī)律間隔短回文重復序 列(CRISPR,Clustered regularly interspaced short palindromic repeats),其中 CRISPR-Cas9(CRISPRassociated protein 9)因其操作的簡便性、通用性,已 成為目前最廣泛應用的基因編輯技術 [8]。

  (3)基因 功 能 鑒 定(Gene function identification)。(4)基 因 組組裝(Genome assembly)。(5)基因組育種方法 (Genomic breeding methodologies)技術。這些基因 型技術的相似點是通過二代測序、SNP 芯片等不同 通量的基因型檢測手段,挖掘株型、產量、抗逆性等 性狀相關的重要基因與自然變異。 智能育種的核心之二為表現(xiàn)型數(shù)據(jù)大數(shù)據(jù)。 也就是說大多數(shù)是平常可以看得到的東西,例如水 稻上的稻谷大小、米粒長短等。

  傳統(tǒng)上都是用眼、 筆、紙人工測定,但是隨著 20 世紀 90 年代的自動 化,高通量表現(xiàn)型數(shù)據(jù)的實施技術(Automatic high throughput phenotyping)的突飛猛進,表型數(shù)據(jù)搜集 基本已經進入數(shù)字化階段。室外主要以衛(wèi)星、飛機、高密度攝像儀高空攝像機、地面小型機器人、紅外 儀、紫外儀等;室內表型技術以德國 LemnaTec®(全 球最大的室內室外型植物表型系統(tǒng))以及原杜邦 - 陶氏化學的 FAST-CORN 為代表。 智能育種的核心之三為環(huán)境大數(shù)據(jù)。

  主要包 括:(1)地上部分的數(shù)據(jù)(AG-above ground),主要內 容為溫度、相對濕度、降雨量、降雪量、日長、日照強 度等。(2)地面上面的數(shù)據(jù)(OG-on the ground),病 菌:生理小種、群體、分布等;昆蟲:生物型、群體、分 布等;雜草:類型、群體、分布等。(3)地下部分的數(shù) 據(jù)(UG-Under ground),土壤特性:類型、結構、肥力、 水分等;土壤微生物:類型、群體、分布等。

  近年來,人工智能技術,特別是圖形成像技術 (Image technology)、數(shù)字化技術(Digital 圖形成像技 術)等現(xiàn)代技術的快速發(fā)展將作物育種引向了新的 階段。目前世界上如拜耳 - 孟山都和科迪華等跨 國種業(yè)巨頭基本上能夠實現(xiàn)作物性狀調控基因的快 速挖掘與表型的精準預測,從而建立智能組合優(yōu)良 等位基因的自然變異、人工變異、數(shù)量性狀位點,具 有多基因與多性狀聚合的育種設計方案,實現(xiàn)智能、 高效、定向培育新品種 [9-10]。

  智能育種的基本技術路線是智能設計適合特 定環(huán)境的、用于構建育種分離群體的雜交組合;在田 間重復產量測試之前,應用基于基因型大數(shù)據(jù)、表型 大數(shù)據(jù)、環(huán)境大數(shù)據(jù)已建立和驗證的基因型-表型- 環(huán)境模型,對優(yōu)異品系和試驗性雜交種的適應性、產 量、品質性狀進行大量計算機模擬,模擬在不同環(huán)境 條件下的表現(xiàn)和穩(wěn)定性;對單個個體在同一世代進 行大規(guī)模、多位點的精準基因組編輯,同時創(chuàng)造多個 優(yōu)異等位基因;在全基因組水平上對已知的不同位 點等位基因的最佳組合進行多基因與多性狀的聚 合;培育出像聰明蛋(SmartStack )玉米品種為代表 的真正的高科技農作物品種。智能育種需要生物育 種大數(shù)據(jù)中心和高度信息化應用方面的支撐。

  深度 融合了生命科學、信息科學和育種科學的智能育種 是科技發(fā)展帶來的新機遇,預計在未來 10~20 年,智 能育種發(fā)展的快慢勢必成為種業(yè)核心價值和競爭力 的體現(xiàn),而由傳統(tǒng)育種到分子育種,再到智能育種, 育種的“科學”成分含量越來越多,而育種的“藝術” 成分含量越來越少;實驗室基因型分析的個體、品系 數(shù)目越來越多,而需要在田間測試的個體、品系數(shù)目越來越少。從而,育種的預見性、準確性、效率越來 越高,實現(xiàn)的經濟、社會和環(huán)境效益也越來越高。

  農作物論文投稿期刊:分子植物育種(雙月刊)創(chuàng)刊于2003年,由海南省生物工程協(xié)會主辦。是一份為轉基因育種、分子標記輔助育種及常規(guī)育種服務的國際化科學期刊。

  6 展望

  由近現(xiàn)代的雜交育種、雜種優(yōu)勢育種到分子育 種,到正在孕育發(fā)展中的智能育種(5G),育種技術越 來越依賴于多項科技的融合發(fā)展。育種的遺傳增益 也越來越高。目前我國大部分作物育種仍然處在傳 統(tǒng)育種(2G 和 3G)階段,僅少部分作物已經處于傳 統(tǒng)育種(3G)向分子技術育種(4G)的轉變階段,而世 界種業(yè)巨頭憑借著雄厚的資本、先進的技術基礎等 優(yōu)勢,已加速朝智能育種(5G)階段邁進。

  我國面臨 著種業(yè)技術全面革新、國際跨國種業(yè)壟斷、種業(yè)產業(yè)對外依存度高的威脅,這給我國作物育種帶來新的挑 戰(zhàn),迫使育種科技亟需革命性的改變。我國必須緊抓 全球新一輪科技革命和產業(yè)革命迭代的機遇,整合和 引導科技資源及人才向育種 5G 技術靠攏,加快原始 創(chuàng)新,搶占種業(yè)技術制高點,確保我國種業(yè)具有持續(xù) 競爭力,保障我國糧食安全、食品安全和生態(tài)安全。

  參考文獻

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  [3] 蓋鈞鎰,劉康,趙晉銘.中國作物種業(yè)科學技術發(fā)展的評述.中國農 業(yè)科學,2015,48(17):3303-3315

  [4] 王紅梅,陳玉梁,石有太,李靜雯,王立光.中國作物分子育種現(xiàn)狀 與展望.分子植物育種,2020,18(2):507-513

  [5] 關淑艷,費建博,劉智博,金棟梁,馬義勇.分子標記輔助選擇 (MAS)在玉米抗逆育種中的應用.吉林農業(yè)大學學報,2018,40 (4):399-407

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  [7] 王維佳,李萌鑫.基因編輯技術在農業(yè)育種中的應用.安徽農業(yè)科 學,2020,48(3):18-25

  [8] 石偉佳,劉芳.CRISPR 基因編輯技術及其應用與檢測方法.農業(yè)與 技術,2020,40(4):18-20,35

  作者:應繼鋒 1,2  劉定富 3  趙 健 2

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